Le dernier plan de domination mondiale du Dr. Phibes comprend la production d’une armée massive de nano-clones. Chaque clone représente une partie différente de la personnalité de Phibes. Shaggy et Scooby doivent encore faire face à leur tâche la plus difficile, mais ils ne savent pas que si Scooby consomme trop de la formule nano, il est plus susceptible de devenir immunisé contre ses effets. Pendant ce temps, le nettoyage de printemps de Robi crée encore plus de chaos pour tout le monde.